I semi di soia contengono anche due isoflavoni primari (genisteina e daidzeina) e uno minore (gliciteina). Questi sono stati definiti fitormoni, estrogeni vegetali, in quanto la loro struttura è simile all'estrogeno, l'ormone sessuale femminile; presentano una potente azione antiossidante e, da recenti studi su animali, risulta che abbiano effetti protettivi dai tumori, in particolare su quello alla mammella.
Nonostante il “latte” ed il “formaggio” di soia contengano meno calcio rispetto a quelli vaccini, è accertato che le donne asiatiche, che si nutrono in maniera tradizionale, non corrono rischi di osteoporosi né incorrono nei frequenti e diffusi malesseri legati alla menopausa; anche questo è dovuto alla presenza dei fitormoni, che forniscono la materia prima per la produzione degli ormoni femminili.
La soia è un importante complemento alimentare anche per i bambini (se intolleranti al latte vaccino diventa addirittura essenziale), per gli individui affaticati da eccessivo lavoro, demineralizzati, nervosi. Una dieta ricca di soia può essere importante, inoltre, per aumentare la concentrazione e la memoria in individui normali, grazie soprattutto alla presenza della colina. Tra le tante caratteristiche positive di questo legume va annoverata anche ricordi la sua capacità di migliorare l'attività della bile di sciogliere ed emulsionare i grassi giunti nell'intestino, rendendo più facile la digestione.
Si ritiene addirittura che possa avere un'ottima azione sulla ristrutturazione delle membrane delle cellule del fegato.